Ford Brody, seorang ahli bom angkatan laut, baru saja bertemu kembali dengan keluarganya di San Francisco ketika ia terpaksa pergi ke Jepang untuk membantu mendiang ayahnya, Joe. Tak lama kemudian, kedua pria itu tersapu dalam krisis yang meningkat ketika predator alfa kuno muncul dari laut untuk memerangi musuh jahat yang mengancam kelangsungan hidup umat manusia. Makhluk-makhluk itu meninggalkan kehancuran besar-besaran saat mereka berjalan menuju medan pertempuran terakhir mereka: San Francisco.