Setelah badai makanan yang membawa bencana di film pertama, Flint dan teman-temannya terpaksa meninggalkan kota. Flint menerima undangan dari idolanya, Chester V, untuk bergabung dengan perusahaan Live Corp, yang bertugas membersihkan pulau, dan tempat para penemu terbaik di dunia menciptakan teknologi untuk kemajuan umat manusia. Ketika Flint menemukan bahwa mesinnya masih beroperasi dan sekarang menciptakan binatang makanan mutan seperti acar hidup, tacodile lapar, shrimpanzee, dan apple pie-thon, ia dan teman-temannya harus kembali untuk menyelamatkan dunia.