Tahun 2071. Setelah pengeboman teroris, virus mematikan dilepaskan ke penduduk Mars dan pemerintah telah mengeluarkan hadiah terbesar dalam sejarah, untuk penangkapan siapa pun yang berada di belakangnya. Kru pemburu bayaran dari pesawat ruang angkasa Bebop; Spike, Faye, Jet dan Ed, menangani kasus tersebut dengan harapan mendapatkan uang hadiah. Namun, misteri seputar pria yang bertanggung jawab, Vincent, lebih dalam dari yang pernah mereka bayangkan, dan mereka bukan satu-satunya yang memburunya.