Lima belas tahun yang lalu, di hamparan gurun Pasifik, sebuah kapal pesiar bertabrakan dengan gunung es dan tenggelam di laut. Lebih dari satu dekade kemudian, Hideto Yashiro, seorang teknisi kapal, meninggal dalam kecelakaan mobil yang fatal. Hubungan yang tidak mungkin antara kedua peristiwa ini baru terungkap di kapal mewah St. Aphrodite selama pelayaran perdananya. Di atas kapal tersebut, Kogorou Mouri, putrinya Ran, Conan Edogawa, dan para detektif cilik menikmati perjalanan yang disediakan oleh keluarga Sonoko Suzuki. Namun, kesenangan mereka segera berakhir ketika permainan petak umpet menyebabkan Sonoko menghilang.