Pada suatu malam yang gelap, polisi Jepang digerebek oleh seorang mata-mata. Badan intelijen dari berbagai negara – seperti MI6 Inggris, BDN Jerman, dan CIA Amerika – serta berkas-berkas rahasia FBI akan diambil, tetapi petugas keselamatan publik yang dipimpin oleh Tooru Amuro tiba tepat pada waktunya. Mata-mata itu mencuri mobil dan melarikan diri. Mata-mata dan Amuro kemudian terkunci dalam pertarungan sengit di jalan raya, dan tepat saat akan menyebabkan kecelakaan dengan beberapa mobil, mobil mata-mata itu terkena peluru senapan agen FBI Shuichi Akai dan jatuh dari jalan raya. Keesokan harinya, Conan dan teman-temannya pergi ke akuarium yang baru direnovasi di Tokyo. Di bawah atraksi utama, bianglala, Conan menemukan seorang wanita menarik sendirian dan terluka. Mata kiri dan kanannya memiliki warna yang berbeda.