Pada tahun 2012, setelah kejadian di Digimon Adventure: Last Evolution Kizuna, para Digidestined di awal masa dewasa—Daisuke, Miyako, Iori, Takeru Takashi, Hikari, dan Ken—harus menyelesaikan tanggung jawab baru mereka dengan rekan Digimon mereka. Namun, Rui Owada, seorang pemuda misterius, muncul dan mengaku sebagai manusia pertama yang bermitra dengan Digimon—Ukkomon. Mungkinkah Rui benar-benar Digidestined pertama?