Empat belas tahun setelah dampak ketiga, Shinji Ikari terbangun di dunia yang tidak diingatnya. Ia belum menua. Sebagian besar Bumi hancur, Nerv telah dibongkar, dan orang-orang yang pernah ia lindungi telah berbalik melawannya. Berteman dengan Kaworu Nagisa yang penuh teka-teki, Shinji melanjutkan pertarungan melawan para malaikat dan menyadari bahwa pertarungan masih jauh dari selesai, bahkan ketika itu bisa saja melawan mantan sekutunya. Perjuangan para karakter terus berlanjut di tengah pertempuran melawan para malaikat dan satu sama lain, berputar ke bawah menuju apa yang pasti bisa menjadi akhir dunia.