Dua tahun telah berlalu sejak pertempuran terakhir dengan Sephiroth. Meskipun Midgar, kota Mako, kota kemakmuran, telah hancur menjadi puing-puing, penduduknya perlahan tapi pasti berjalan menuju pembangunan kembali. Akan tetapi, penyakit misterius yang disebut Geostigma menyiksa mereka. Tanpa ada obat yang terlihat, penyakit itu membawa kematian kepada yang menderita, satu demi satu, merampas harapan yang masih tersisa dari penduduk.