Hellboy, pacar pirokinetiknya, Liz, dan empati akuatik, Abe Sapien, menghadapi pertempuran terbesar mereka saat seorang pangeran peri dunia bawah berencana untuk merebut kembali Bumi demi kerabat ajaibnya. Bosan hidup di bawah bayang-bayang manusia, Pangeran Nuada mencoba membangkitkan kekuatan kuno mesin pembunuh, pasukan emas yang sangat kuat, untuk membersihkan jalan bagi makhluk-makhluk fantasi agar bisa berkeliaran dengan bebas. Hanya Hellboy yang bisa menghentikan Pangeran Kegelapan dan mencegah pemusnahan umat manusia.