Thomas dan rekan-rekan Gladernya menghadapi tantangan terbesar mereka: mencari petunjuk tentang organisasi misterius dan kuat yang dikenal sebagai WCKD. Perjalanan mereka membawa mereka ke Scorch, lanskap terpencil yang dipenuhi rintangan yang tak terbayangkan. Bekerja sama dengan pejuang perlawanan, para Glader menghadapi pasukan WCKD yang jauh lebih unggul dan mengungkap rencana mengejutkannya untuk mereka semua.