Berlatar di sebuah pulau di lepas pantai New England pada musim panas tahun 1965, Moonrise Kingdom menceritakan kisah dua anak berusia dua belas tahun yang jatuh cinta, membuat perjanjian rahasia, dan melarikan diri bersama ke alam liar. Saat berbagai pihak berwenang mencoba memburu mereka, badai dahsyat terjadi di lepas pantai – dan komunitas pulau yang damai itu berubah drastis dalam berbagai hal yang tak dapat ditangani siapa pun.