Setelah ditangkap karena percobaan pembunuhan terhadap Raikage, pemimpin Kumogakure, sekaligus membunuh Jōnin dari Kirigakure dan Iwagakure, Naruto dipenjara di Hōzukijou: sebuah fasilitas penahanan kriminal yang dikenal sebagai penjara darah. MUI, sang kepala istana, menggunakan teknik pemenjaraan pamungkas untuk mencuri kekuatan dari para tahanan, saat itulah Naruto menyadari bahwa nyawanya telah menjadi sasaran. Maka dimulailah pertempuran untuk mengungkap kebenaran di balik pembunuhan misterius dan membuktikan bahwa Naruto tidak bersalah.