Sekelompok ninja misterius melakukan serangan mendadak di Konohagakure, yang mengakibatkan kerusakan besar. Mimpi buruk perang dunia shinobi lainnya bisa menjadi kenyataan. Sasuke, yang masih menjadi ninja pelarian dari Konoha yang mencoba membunuh saudaranya, Itachi, muncul untuk kedua kalinya di hadapan Naruto di lokasi yang tidak diketahui untuk mencegah hal itu terjadi.