Musim pertama dimulai tepat setelah “Marvel’s The Avengers” berakhir. Tepat setelah Pertempuran New York, dan sekarang keberadaan pahlawan super dan alien telah menjadi pengetahuan umum, dunia mencoba memahami kenyataan baru ini. Agen Phil Coulson kembali beraksi dan sekarang mengincar kelompok misterius yang disebut Rising Tide. Untuk melacak musuh yang tak terlihat dan tak dikenal ini, ia telah mengumpulkan sekelompok kecil agen terpilih dari organisasi penegak hukum dunia yang dikenal sebagai S.S.I.E.L.D.