Tujuh tahun yang lalu, sebuah meteorit menghantam distrik Shibuya, Tokyo. Makhluk asing yang dikenal sebagai cacing muncul dari meteorit dan menjadi ancaman bagi umat manusia. Sejak saat itu, Souji Tendou berlatih sambil menunggu Kabuto Zecter agar ia dapat benar-benar mengemban tugas sebagai Kamen Rider Kabuto. Memiliki banyak musuh dan pada saat yang sama bertemu dengan para pengendara lain dengan asal-usul yang misterius, Tendou berusaha mencapai tujuannya dengan cara apa pun: menghancurkan semua cacing yang mengancam umat manusia.