Serial ini mengikuti pelayaran kapal luar angkasa Starfleet Uss Enterprise (NCC-1701), yang dikapteni oleh Christopher Pike, selama misi lima tahun keduanya (2259-2264), yang mendahului misi lima tahun Kapten James T. Kirk yang dinarasikan dalam serial televisi Star Trek. Serial ini dimulai pada tanggal 1738.12 (2259), beberapa tahun setelah peristiwa yang terjadi di musim kedua serial televisi Star Trek: Discovery, saat Pike untuk sementara menjadi kapten USS Discovery.