St. Agatha berlatar tahun 1950-an di sebuah kota kecil di Georgia. Seorang penipu hamil bernama Agatha melarikan diri dan mencari perlindungan di sebuah biara yang tersembunyi dalam isolasi yang memekakkan telinga. Apa yang awalnya dimulai sebagai tempat yang sempurna untuk memiliki anak berubah menjadi sarang gelap tempat kesunyian dipaksakan. Rahasia mengerikan ditutupi, dan setiap kekuatan kemauan Agatha diuji. Dia segera mengetahui kebenaran yang menyakitkan dan bengkok dari biara dan orang-orang aneh yang bersembunyi di dalam aulanya. Agatha sekarang harus menemukan cara untuk menemukan kekuatan yang tak tergoyahkan yang dibutuhkan untuk melarikan diri dan menyelamatkan bayinya sebelum dia dikurung di balik tembok-tembok ini selamanya.