Setelah penjahat super Shredder lolos dari tahanan, ia bergabung dengan ilmuwan gila Baxter Stockman dan dua orang antek bodohnya, Bebop dan Rocksteady, untuk melancarkan rencana jahat guna menguasai dunia. Saat para Turtles bersiap menghadapi Shredder dan kru barunya, mereka mendapati diri mereka menghadapi kejahatan yang lebih besar dengan niat serupa: Krang yang terkenal kejam.