Setelah turnamen Battle City berakhir, jauh di bawah pasir Mesir, kejahatan kuno telah bangkit. Anubis, yang dikalahkan berabad-abad lalu oleh alter ego misterius Yugi – Firaun kuno – telah kembali untuk membalas dendam. Dengan menggunakan kekuatan benda milenium kedelapan, Anubis bertekad untuk menghancurkan Yugi dan menguasai dunia.