Setelah kejadian fourth impact, terdampar tanpa evangelion mereka, shinji, asuka, dan rei mencari perlindungan di salah satu kantong manusia langka yang masih ada di planet bumi yang hancur. di sana, masing-masing menjalani kehidupan yang jauh berbeda dari hari-hari mereka sebagai pilot evangelion. namun, bahaya bagi dunia masih jauh dari selesai. sebuah impact baru sedang membayangi di cakrawala—yang akan terbukti menjadi akhir sejati evangelion.