Ceritanya berlatar tahun 2027, satu tahun setelah berakhirnya perang non-nuklir keempat. Kota pelabuhan baru itu masih terguncang akibat perang tersebut ketika mengalami pemboman yang disebabkan oleh ranjau yang bergerak sendiri. Kemudian, seorang anggota militer yang terlibat dalam suap perdagangan senjata ditembak mati. Selama penyelidikan, Daisuke Aramaki dari bagian keamanan publik bertemu dengan Motoko Kusanagi, seorang cyborg, peretas tingkat penyihir yang ditugaskan ke unit rahasia ke-501 militer. Batou, seorang pria dengan “mata yang tidak tidur,” mencurigai bahwa Kusanagi adalah orang di balik pemboman tersebut. Detektif polisi prefektur Niihama, Togusa, sedang menyelidiki kasus ganda miliknya sendiri, yaitu penembakan yang menewaskan seorang pelacur dan pembunuhan seorang pelacur. Motoko sendiri diawasi oleh kepala unit rahasia ke-501, Kurutsu, dan agen cyborg.