Thomas memimpin kelompok glader yang melarikan diri pada misi terakhir dan paling berbahaya mereka. Untuk menyelamatkan teman-teman mereka, mereka harus masuk ke kota terakhir yang legendaris, labirin yang dikendalikan WCKD yang mungkin berubah menjadi labirin paling mematikan dari semuanya. Siapa pun yang berhasil keluar hidup-hidup akan mendapatkan jawaban atas pertanyaan-pertanyaan yang diajukan para glader sejak mereka pertama kali tiba di labirin tersebut.