Nanny McPhee muncul di depan pintu rumah seorang ibu muda yang sedang sibuk mengurus pertanian keluarga sementara suaminya pergi berperang. Namun, begitu sampai di rumah, Nanny menemukan bahwa anak-anaknya juga sedang berperang melawan dua sepupu kota manja yang baru saja pindah. Dengan mengandalkan segala hal mulai dari sepeda motor terbang dan patung yang bisa hidup hingga anak babi yang bisa memanjat pohon dan bayi gajah, Nanny menggunakan sihirnya untuk mengajari lima pelajaran baru kepada anak-anak nakalnya.