Diadaptasi dari seri permainan video dengan nama yang sama, Ninokuni mengikuti teman sebaya sekolah menengah Yuu dan Haru yang harus melakukan perjalanan antara dua dunia yang terpisah namun paralel untuk membantu menyelamatkan teman masa kecil mereka, Kotona, yang hidupnya dalam bahaya. Dalam perjalanan ajaib yang dipersulit oleh cinta ini, ketiga remaja tersebut akan ditugaskan untuk membuat pilihan terakhir.