Saat Sosuke, seorang anak lelaki yang tinggal di puncak tebing yang menghadap ke laut, menyelamatkan seekor ikan mas yang terdampar bernama Ponyo, ia menemukan lebih dari yang ia kira. Ponyo adalah makhluk muda yang penuh rasa ingin tahu dan energik yang ingin menjadi manusia, tetapi bahkan saat ia menyebabkan kekacauan di sekitar rumah, ayahnya, seorang penyihir sakti, berencana untuk mengembalikan Ponyo ke laut.